『심층마음의 연구』는 우리의 심층마음인 아뢰야식이 어떻게 깨어 활동하는지, 아뢰야식이 어떤 방식으로 자아와 세계의 근원이 되는지를 밝힌 책이다. 제1부에서는 안이비설신의 5근(시각, 청각, 후각, 미각, 촉각의 5감)을 통해 얻는 전5식과 주어진 감각에 대해 알아차리고 생각하며 판단하는 제6의식, ‘나는 나다’의 자의식인 제7말나식, 가장 심층에 있는 식이자 본서의 핵심인 제8아뢰야식에 대해 설명한다. 제2부에서는 심층마음과 표층의식과 관련하여 여래장사상과 독일관념론, 세친의 사상과 칸트의 사상, 원측의 사상과 칸트의 사상 등을 비교 대상으로 삼아 동서철학을 비교하는데, 이를 통해 심층마음의 경험 초월성이나 자각성에 대해 동양과 서양이 어떻게 서로 다른 사유를 전개해 왔는지 밝힌다. 제3부에서는 인간 및 세계를 오직 표층의식 차원의 존재로만 간주하는 사고체계인 실체론과 인과론, 의식론, 진화론에 각각 어떠한 한계가 있는지 다룬다. 제4부에서는 표층의식만을 자기 마음의 전부라고 생각하는 것이 우리의 삶을 고통스럽게 만든다고 지적하면서 이러한 고통에서 벗어나기 위해 어떠한 믿음이 전제되어야 하는지, 어떤 깨달음을 얻어야 하는지, 그리고 타인의 고통에 공명하며 그것을 덜어 주고자 하는 자비가 어떻게 가능한 것인지 살펴본다. 제5부에서는 일심을 강조하고 일심을 증득하며 또 일심을 실현한 현대의 불교학자나 스님들 중에서 불교학자 김동화와 이기영, 한마음선원의 대행스님과 안국선원의 수불스님에 대해 집중적으로 조명한다.